תכליתו של חוק שעות עבודה ומנוחה היא להגן על העובד באמצעות קביעת מסגרת נורמטיבית של שעות עבודה במשק אשר תימנע מעובד ומעסיקו להסכים על מסגרת שעות עבודה הפוגעת בעובד. כפי שנאמר בפסיקה, המטרה הראשונית של חוק מגן זה היא "לקדם את איכות החיים ולהגן על כבודו של מי שמבצע עבודה, על ידי כך שתוחמים את יום העבודה, ובכך למעשה מגדירים גם את שעות הפנאי. כך גם נמנע ניצול אפשרי של מעסיקים שלולא החוק המגביל את שעות ההעסקה, היו עלולים להעסיק עובד אחד במקום שני עובדים תוך דרישה למספר שעות רב וללא צורך לפצות את העובד על שעות העבודה הרבות" (ע"ע 300271/98 טפקו בע"מ נ' טל, ניתן בבית הדין הארצי לעבודה ביום 29.11.2000).
תכלית זו של החוק מהווה קו מנחה בפסיקות המפרשות את חוק שעות עבודה ומנוחה, וצריכה להוות קו מנחה למעבידים בקביעת תנאי העסקת עובדים. גם כאשר החוק מעניק לעובדים "הטבות" על עבודה בשעות חריגות, כגון גמול שעות נוספות ומנוחה שבועית, אין מטרתו להגדיל את שכרו של העובד. כמו כן, אין מטרתו של החוק להטיל מעמסה על המעסיקים או למנוע תבניות העסקה בלתי שגרתיות. הגבלת שעות העבודה היא המטרה העיקרית. כפי שנאמר בפסיקה, "גמול שעות נוספות אינו אלא אמצעי להפיכת העבודה בשעות נוספות לבלתי כדאית, ורק בעקיפין פיצוי על המאמץ הנוסף" (דב"ע מה/22 – 3 (ארצי) "אגד" - אגודה שיתופית לתחבורה בישראל בע"מ נ' לודויג קרץ ואח', ניתן ביום 22.9.1985).
יצויין כי באשר מדובר בחקיקת מגן, הזכויות המוקנות לפי חוק זה אינן זכויות שאפשר לוותר עליהן או לפגוע בהן אפילו בהסכם בין הצדדים
